Le programme est mis en œuvre sous la responsabilité de la Région Franche-Comté, autorité de gestion, et des Coordinations régionales suisses Arc jurassien et Bassin lémanique pour ce qui concerne les financements suisses, en partenariat avec la Région Rhône-Alpes, les Préfets des régions Franche-Comté et Rhône-Alpes, les Départements de l’Ain, du Doubs, de la Haute-Savoie, du Jura et du Territoire de Belfort, les Cantons de Berne, du Jura, de Genève, de Neuchâtel, du Valais et de Vaud.